Coronavirus: trovata variante Delta AY.4

Sollievo al Policlinico di Tor Vergata. Trovata variante Delta AY.4 con doppia delezione atipica in paziente con risultato negativo al test molecolare per il gene N

La virologa Prof.ssa Ceccherini Silberstein :”C’era il sospetto che fosse di variante SARS-CoV-2 Omicron in quanto nel gene N ci sono tre delezioni atipiche”

Un paziente non vaccinato ricoverato presso la UOC di Malattie Respiratorie del Policlinico Tor Vergata, da positivo per la prima volta al test molecolare dal 25 Novembre 2021 su due target (geni E e RdRP/S), ma più volte negativo al gene N, è poi risultato positivo per Variante Delta AY.4 con doppia delezione atipica.

“L’intuizione della Prof.ssa Paola Rogliani, che ha in cura il paziente, è stata quella di richiedere il sequenziamento, per un sospetto di variante atipica, come la nuova Omicron. Grazie alla collaborazione tra l’Unit di Virologia del Policlinico, diretta dal Prof. Sandro Grelli, e la Cattedra di Virologia del Dipartimento di Medicina Sperimentale dell’Università di Roma “Tor Vergata” -sottolinea la Prof.ssa Francesca Ceccherini Silberstein – in meno di 48 ore è stato processato il campione e ottenuta la sequenza grazie al lavoro di squadra, e in particolare della Dr.ssa Maria Concetta Bellocchi e dei giovani tesisti Greta Marchegiani e Daniele Stella. Il risultato ottenuto ha mostrato SARS-CoV-2 con una variante Delta sublineage AY.4. Da un’analisi più attenta, è stata identificata dal Dr. Mohammad Alkhatib una delezione poco frequente in posizione 214-215 del Nucleocapside (vedi figura), che potrebbe avere determinato il risultato parzialmente negativo al test diagnostico. Come in questa variante Delta sublineage AY.4, anche la variante omicron presenta una delezione atipica nel gene N che merita attenzione, perché potrebbe avere ripercussioni nell’esito e interpretazione dei test diagnostici”.

IL PROGETTO EuCARE – Questo aspetto verrà approfondito al più presto – aggiunge la Prof.ssa Ceccherini Silberstein – attraverso studi collaborativi all’interno del progetto di ricerca europeo recentemente finanziato“EuCARE: European cohorts of patients and schools to advance response to epidemics”, a guida italiana, dedicato a chiarire alcuni degli aspetti cruciali e più dibattuti dell’epidemia da SARS-COV-2, come l’impatto delle varianti ai test sierologici e/o molecolari e aivaccini attualmente in uso (https://www.euresist.org/eucare)”.

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